Významným milníkem v dvacetileté historii Kraje Vysočina je mimo jiné uzavření spolupráce partnerských regionů formou takzvané trojdohody. Právě tu v roce 2006 tehdejší hejtman Miloš Vystrčil, dnes předseda Senátu PČR, podepisuje se svými protějšky z Nitranského samosprávného kraje (Slovensko) a z regionu Champagne-Ardenne (Francie). Trojdohodě předcházel první oficiální dokument zachycující vzájemnou spolupráci Kraje Vysočina se spolkovou zemí Dolní Rakousko. Bilaterální dohodu tehdy podepsali hejtmani obou krajů, za Vysočinu první hejtman František Dohnal, dne 5. září 2002 ve Znojmě.
Další tři partnerské regiony Kraje Vysočina se nacházejí mimo hranice Evropské unie. Jde o Zakarpatskou oblast Ukrajiny (od roku 2008), Minskou oblast Běloruska (od roku 2014) a o čínskou provincii Hubei (od roku 2014). Dalším mezníkem na mezinárodním poli je rok 2008, od kdy má Kraj Vysočina vlastní zastoupení v Bruselu, a v roce 2016 se kraj přizpůsobuje okolnostem a navazuje spolupráci s nově vzniklým Regionem Grand Est, který k 1. lednu toho roku vznikl sloučením Alsaska, dosud partnerského regionu Vysočiny Champagne-Ardenne a Lotrinska. Příkladů úspěšné spolupráce je celá řada, jsou to například výměnné studijní pobyty ve Francii, účast na mezinárodních gastronomických soutěžích, vyučující lektoři francouzského a německého jazyka na krajských středních školách, projekt Mladá univerzita Waldviertel-Vysočina pro děti ve věku 11 až 14 let, také setkání pracovních skupin a výměna zkušeností, stáže pro pracovníky v sociální oblasti, Dolnorakouská výstava v Hornu, Raabsu a Telči v roce 2009 nebo účast slovenských a ukrajinských studentů na projektu Letní žurnalistické školy v Havlíčkově Brodě.