Historie Kraje Vysočina se začala psát v roce 2000 a o čtyři roky později se přistoupilo k první zásadní úpravě sítě středních škol v našem kraji. Cílem optimalizace středoškolské sítě bylo vytvořit silnější školy, které budou schopné lépe čelit stále klesajícímu počtu žáků.
První vlna slučování se týkala 29 krajských škol. Aby se střední školy na Vysočině vypořádaly s demografickým poklesem a zůstaly stabilní, přistoupilo se v roce 2014 k dalšímu slučování. Z osmnácti středních škol vzniklo osm vzdělávacích odborných center.
V akademickém roce 2004/2005 zahájila výuku první veřejná vysoká škola na Vysočině. Vysoká škola polytechnická Jihlava (dále VŠPJ) vznikla transformací krajské vyšší odborné školy a v prvním roce své existence nabídla vzdělávání v bakalářských oborech Finance a řízení, Počítačové systémy a Cestovní ruch. Za jejím vznikem byla velká snaha krajské samosprávy nabídnout studentům v regionu plnohodnotnou škálu vzdělávání. První inaugurace se uskutečnila v roce 2006, kdy byl do funkce slavnostně uveden Ladislav Jirků, druhá o čtyři roky později, kdy se rektorem stal Jakub Novotný. Současný rektor Václav Báča byl zvolen už dvakrát, VŠPJ vede od roku 2014.