Extrémní deště a rozlité vodní toky potrápily v půlce září také Kraj Vysočina. Řeky Sázava, Doubrava, Svratka, Želetavka a další dosáhly třetího povodňového stupně a někde se vylily do svého okolí. Dočasnou komplikaci představoval také provizorní most v Bítovčicích na řece Jihlavě. Ten, i přesto, že nebyl původně projektován na velkou vodu, nápor vody vydržel a po technické prohlídce opět slouží.
Černé scénáře pro Vysočinu se však naštěstí nepotvrdily, mnohem hůře dopadli lidé a jejich majetky na severu Moravy. V Kraji Vysočina voda zalila zhruba dvacítku komunikací, které byly dočasně zavřené. Také vlaky měly na tratích kvůli pádům stromů rozsáhlé výluky. Problémy dělaly výpadky elektrického proudu, během kritického víkendu se bez proudu na několik desítek hodin ocitly tisícovky domácností. V některých obcích a městských částech voda zaplavila zahrady či okolní louky. V Dalečíně na Bystřicku se ocitlo pod vodou například dětské hřiště, řeka Jihlava zaplavila několik úseků cyklostezek a v Golčově Jeníkově museli evakuovat domácí zvířata. Co je ale nejdůležitější, v Kraji Vysočina si velká voda nevyžádala žádné újmy na životech.